Praktycznie nie ma przeciwwskazań do karmienia piersią. ZE strony dziecka może wynikać to zarówno z fizycznej niezdolności do pobierania pokarmu jak i metabolicznej.
Wada anatomiczna w postaci rozszczepu wargi i podniebienia może być na tyle rozległa, że spowoduje brak fizycznych warunków do

skutecznego ssania. W tym wypadku należy odstąpić od tradycyjnego karmienia piersią i podawać odciągnięty pokarm matki pośrednio ? pokarm nie drażni śluzówek, daje szansę na prawidłowy rozwój mowy, uniknięcie wad zgryzu i zapaleń ucha. W przypadku tej wady stosuje się odpowiednie pozycje (półpionowa lub pionowa), specjalne płytki na sutek czy pomoc dla dziecka np. użycie palca w celu zatkania przecieku.
Fizyczne przyczyny niezdolności dziecka do karmienia piersią są dzieci w ciężkim stanie, zbyt słabe (wady serca, wyniszczenie) lub małe (wcześniaki) dla których odruch ssanie jest zbyt dużym wysiłkiem i wiąże się z dużym ryzykiem zachłyśnięcia.
Przeciwwskazaniem do karmienia naturalnego jest choroba metaboliczna w której niemowlę nie jest wstanie metabolizować składników pokarmu kobiecego. Do tych chorób należy galaktozemia, rodzinna nietolerancja laktozy z latozurią, wrodzony niedobór laktazy i fenyloketonuria.
Trudności w karmieniu towarzyszące zespołowi Downa, takie jak męczliwość towarzysząca wadom serca, duży język i wiotkość górnych dróg oddechowych, należy dążyć do zwiększenia częstotliwości karmienia.
Alergie, zazwyczaj pokarmowe, nie dotyczą mleka kobiecego, a częściej są wynikiem obecności w nim egzogennych białek z diety matki i poprzez ich eliminację, należy dążyć do łagodzenia objawów u dziecka. Biegunka i kolka niemowlęcia nie stanowią przeciwwskazań, a często ustępują przy normalnym karmieniu.
Do bezwzględnych przeciwwskazań spowodowanych stanem matki zaliczają się:
-niewydolność krążenia stopnia IV
-ciężka choroba psychiczna,
-narkomania
-gruźlica w fazie zakaźnej (prątkująca)
-okres wiremii przy zakażeniu HIV, HAV, HCV oraz CMV w przypadku wcześniaków
-przyjmowanie niektórych leków,
-infekcja HSV lub Trepanoma palidum
-zmiany znajdujące się na otoczce lub brodawce
-ropień piersi zlokalizowany podotoczkowo,
-obecność krwi lub ropy w pokarmie
-chemioterapia lub radioterapia w przebiegu leczenia raka piersi.
Ponadto do przeciwwskazań zalicza się:
-posocznicę,
-dur brzuszny,
-malarię
-zapalenie nerek,
-rzucawkę,
-obfity krwotok,
-niezdolność intelektualna.
Przeciwwskazaniem jest padaczka. Gdzie obok leków dodatkowo przeszkodę stanowi niemowżność wykluczenia ataku podczas karmienia.
Wirusowe zapalenie wątroby niezależnie od typu jest przeciwwskazaniem do karmienia w fazie wiremii, lecz wirus typu B pozwala na podjęcie naturalnego żywienia, jeśli podano dziecku immunoglobulinę anty-HBV do 3 godzin po porodzie oraz zaszczepiono przeciwko HBV po 12 godzinach. Zakażenie HIV jest przeciwwskazaniem do karmienia, gdy dziecko jest zdrowe i dostępne są inne metody karmienia.
Cytomegalia dla dziecka urodzonego w terminie nie stanowi zagrożenia, inaczej jest u dzieci nie donoszonych i tylko wtedy stanowi przeciwwskazanie.
Radioterapiainnych okolic niż sutek, nie jest zwykle niebezpieczna, gdyż nie wpływa na jakość pokarmu. Karmienie powinno być również odroczone, gdy stan kliniczny matki jest ciężki.