Długotrwałe przyjmowanie antybiotyków zaburza równowagę między poszczególnymi populacjami bakterii, wchodzących w skład naturalnej mikroflory jelit. Może to prowadzić do dominacji określonego gatunku i związanych z tym przykrych efektów ubocznych.

Jeśli dominującym gatunkiem staje się Clostridium difficile może dojść do wydzielenia przez tą bakterię dwóch toksyn- enterotoksyny A i cytotoksyny B ? zaburzających funkcjonowanie i uszkadzających śluzówkę jelita.
U chorego pojawia się gorączka, biegunka oraz spastyczne (kurczowe) bóle brzucha.
Diagnostyka opiera się na izolacji drobnoustroju ze stolca pacjenta oraz wykryciu wydzielanych toksyn metodami immunologicznymi (np. test ELISA).
W poważnych przypadkach stosuje się leczenie antybiotykowe, zwykle jednak zaleca się kurację preparatami probiotycznymi.?