Są substancje i leki, a także rozmaite stany chorobowe powodujące zaburzenia wchłaniania i przyswajania witamin, nawet jeśli dieta dostarcza jej odpowiedniech ilości. Antybiotyki niszczą bakterie chorobotwórcze oraz pożyteczne bakterie w przewodzie pokarmowym (syntetyzujące witaminy K, Bl, kwas foliowy i Bl2).

Spora grupa leków działa drażniąco na błonę śluzową przewodu pokarmowego i wywołuje takie jej zmiany, które uniemożliwiają wchłanianie witamin. Długotrwale stosowane leki zobojętniające kwas solny (np. w chorobie wrzodowej żołądka oraz dwunastnicy) upośledzają wchłanianie witamin.

Także liczne choroby (m.in. choroba Crohna, choroby pasożytnicze - np. lambliozy, czynne choroby wrzodowe żołądka i dwunastnicy) powodują zaburzenia w przyswajaniu witamin.

W wyniku niektórych operacji chirurgicznych przewodu pokarmowego bakterie pochłaniają dla swoich celów witaminę Bl2 i kwas foliowy, co prowadzi w organizmie do ich niedoboru. Stres również może powodować nadmiernie przyspieszoną perystaltykę jelit, co prowadzi do upośledzenia wchłaniania witamin.

Nieprzyswajanie witamin może też wynikać z łącznego ich spożywania wraz z substancjami blokującymi czynności ich wchłaniania, bądź konkurującymi o ten sam nośnik białkowy. Nieprawidłowy sposób spożywania pokarmów, zwłaszcza zbyt krótkie ich przeżuwanie, również może utrudniać wchłanianie witamin.

Nadużywaniu witamin sprzyja łatwość, z jaką można kupić wszelkie preparaty witaminowe. Wiele osób sądzi, że spożywanie dużych ilości tabletek z witaminami wzmacnia zdrowie. Skutki takiego samoleczenia rzadko są zadowalające. Zdarzają się przypadki przedawkowania witamin, a zaprzestanie przyjmowania dużych ich dawek powoduje objawy awitaminozy.

Choć większość wielowitaminowych preparatów zawiera wszystkie niezbędne składniki, to jednak organizm nie może w pełni ich wykorzystać, bo - po prostu - nie jest w stanie ich wchłonąć.

Najlepiej uzupełniać zapotrzebowanie na witaminy poprzez spożywanie produktów zawierających naturalne ich rodzaje, proporcje i stężenia, co odpowiada fizjologii organizmu, bo to właśnie z naturalnych produktów organizm potrafi skutecznie i na bieżąco pobierać witaminy w potrzebnych ilościach.

Łatwo można przedawkować witaminy rozpuszczalne w tłuszczach, takie jak: A, E, D i K. Ich dawki powinny być uzgadniane z lekarzem.

W aptekach i sklepach można nabyć bez recepty rozmaite preparaty wielowitaminowe reklamowane jako, bo posiadające wszystkie niezbędne dla zdrowia witaminy i mikroelementy.

Przy ich zakupie trzeba jednak zachować ostrożność, bo mogą zawierać składniki, które - przyjmowane w zbyt dużych ilościach - nie są przyswajane przez organizm; zdarza się, że preparaty nie zawierające kompletu witamin, mogą być lepiej przyswajalne.

Niedobory witamin w organizmie wynikają między innymi ze sposobu przetwarzania żywności, zwłaszcza w wysokich temperaturach, co niszczy zawarte w niej witaminy.

Aby zminimalizować te straty, np. podczas gotowania owoców i warzyw, należy je gotować w możliwie małej ilości wody, a uzyskane wywary także wykorzystywać.

Potrawy należy przygotowywać w najniższych możliwych temperaturach, bo im wyższa temperatura, tym straty witamin większe.

Krojenie owoców i warzyw na drobne kawałki zwiększa straty witamin; lepiej najpierw gotować,

a potem kroić. Należy unikać dodawania do gotowania sody, która wpływa na zachowanie koloru owoców i warzyw, ale powoduje duże straty witamin. Nawet jeżeli dieta dostarcza odpowiedniej ich ilości, to jest wiele substancji i leków oraz stanów chorobowych, które powodują zaburzenia wchłaniania witamin.

Antybiotyki, poza bakteriami chorobotwórczymi, niszczą pożyteczne bakterie w przewodzie pokarmowym człowieka, wskutek czego nie mogą być syntetyzowane w organizmie witaminy K, Bl, Bl2 i kwas foliowy.

Wiele leków działa drażniąco na błonę śluzową przewodu pokarmowego i wywołuje takie jej zmiany, które uniemożliwiają wchłanianie witamin. Także leki zobojętniające kwas solny długotrwale stosowane, np. w chorobie wrzodowej, upośledzają wchłanianie witamin.

W przebiegu wielu chorób zaburzone jest wchłanianie witamin, m.in. w chorobie Crohna, chorobach pasożytniczych (zwłaszcza lambliozie), w czynnej chorobie wrzodowej żołądka i dwunastnicy.