To związki składające się z prebiotyków i probiotyków. Połączenie to zapewnia skuteczniejsze działanie na florę jelitową. Możliwe jest to gdyż wyselekcjonowane szczepy bakterii (probiotyki) są pobudzane przez stymulujące je prebiotyki (np. inulina). Synbiotyki wykorzystywane są w produkcji żywności funkcjonalnej. Stosowane są również w celach leczniczych (ochronny przewodu pokarmowego) w postaci ampułek. Działają przez pobudzenie wzrostu bakterii naturalnie występujących w przewodzie pokarmowym, zapobiegając jednocześnie namnażaniu się bakterii chorobotwórczych. Zaleca się stosowanie w czasie zażywania antybiotyków, obniżonej odporności organizmu czy biegunkach.